Село Подчерье стоит на левом берегу реки Подчерем, а по названию реки получило свое название и село. Основным занятием населения являлись охотничий и рыболовный промысел.

Первое официальное упоминание о селе Подчерье относится к 1784 году. В селе насчитывалось 8 дворов и 39 жителей. К середине 19 века в селе проживало уже 100 человек.

По национальному составу население относилось к верхнепечорским коми.

Типом жилища на верхней Печоре служило традиционное трехкамерное жилище (изба-керка, сени, клеть). Старинные строения сохранились у жителей села и до сих пор.
В селе была православная церковь, а также небольшая старообрядческая часовня. В большинстве своём верхнепечорские коми были старообрядцами.
В конце ХIХ - начале ХХ века здесь имелась земская почтовая станция. В 1891 году открылась школа, и уже к 1916 году в селе насчитывалось 56 дворов и проживало 197 человек.

Революционные события и гражданская война начала 20 века не прошли стороной и далекий край Коми. В районе села Подчерье в феврале 1919 года в неравном бою с отрядом белогвардейцев погибли 37 красноармейцев во главе с И. М. Зарубиным и его заместителем Осиповым. В 1957 году на братской могиле в двух километрах от села был установлен обелиск. По ходатайству исполкома Подчерского сельского Совета решено было перенести эту братскую могилу в центр села. 10 сентября 1967 года состоялось открытие обновлённого памятного обелиска.
В 1926 году в Подчерье насчитывалось 57 дворов и проживало 190 человек. В 1930 году в селе имелись школа, изба-читальня, пароходная стоянка, потребительское общество, агентство госторга. В 1931 году был организован колхоз «Рычаг социализма», где занимались разведением крупного рогатого скота и земледелием. Колхоз принимал участие в выставках достижений народного хозяйства.

За период Великой Отечественной войны из Подчерского сельсовета более 120 человек ушли на фронт, 82 из них не вернулись.

В 1956 году на территории Подчерского сельского Совета был организован Подчерский сплавной рейд, объединивший три сплавных участка. Так возник новый поселок сплавщиков, который тоже был назван Подчерье. Тогда же, по некоторым данным, в Подчерье были переселены люди, жившие в маленьких деревнях, таких как Солдат, Яки, Орловка.

В 1960 году Подчерский сельсовет передали Печорскому району, а с 1975 года он входит в Вуктыльский район.